Nhóm cảng biển hiện nay Cảng vụ Hàng hải Nha Trang quản lý thuộc nhóm 4, bao gồm các cảng sau:
1. Cảng Nha Trang
2. Cảng Dầu Mũi Chụt
3. Cảng Hải Quân
4. Cảng Cam Ranh
5. Cảng Hòn Khói
6. Cảng Đầm Môn
7. Cảng Nhà máy tàu biển Huyndai Vinashin
8. Cảng Cà Ná
9. Khu chuyển tải dầu Vân Phong
10. Khu chuyển tải Ninh Chữ
Trong số các cảng biển Cảng vụ Hàng hải Nha Trang đang quản lý thì các cảng biển trong khu vực Vịnh Vân Phong đang được quan tâm đầu tư xây dựng thành khu kinh tế Vân Phong, đáp ứng yêu cầu xuất nhập khẩu hàng hóa cho cả nước để thực hiện chiến lược phát triển kinh tế- xã hội.
1. Cảng trung chuyển container quốc tế Vân Phong:
Thống kê gần đây cho thấy, cảng biển châu Á hiện đang tiếp nhận tới 50% số lượng container vận chuyển bằng đường biển trên thế giới. Các cảng cửa ngõ, các trung tâm trung chuyển như Laem Chabang (Thái Lan), Subic (Philippines) hay Tanjung Pelapas (Malaysia) ra đời cũng chính là để đáp ứng nhu cầu ngày càng lớn này. Việt Nam, trong dòng chảy chung này cũng không thể thiếu một cảng biển có cơ sở hạ tầng hiện đại, đóng vai trò một cảng trung chuyển quốc tế và Vân Phong, với thuận lợi về vị trí địa lý và điều kiện tự nhiên được đánh giá là một địa điểm lý tưởng để xây cảng trung chuyển.
Trên thực tế, do phần lớn các cảng của ta đều nằm sâu trong nội địa lại chưa có cảng nước sâu đáp ứng cho tầu từ 3- 4 vạn tấn vào làm hàng nên phần lớn hàng hoá xuất nhập khẩu bằng container đều phải trung chuyển qua Singapore hay Hồng Kông, làm tăng giá cước vận chuyển cũng như làm giảm khả năng cạnh tranh của hàng hoá nước ta trên trường quốc tế. Trong khi đó, như trên đã nói, xét trên nhiều khía cạnh, Vân Phong hoàn toàn có ưu thế để trở thành một cảng biển mang tầm cỡ quốc tế.
Về mặt địa lý, vịnh Vân Phong là điểm cực đông của bán đảo Đông Dương, cách đều bờ biển Nam Trung Hoa, Philippines, đảo Borneo, bán đảo Malaysia đồng thời lại nằm ngay trên ngã ba đường hàng hải quốc tế (tuyến châu Âu - Bắc á, châu úc - Đông Bắc á...). Quãng đường từ Vân Phong vượt Thái Bình Dương cũng là quãng đường ngắn nhất so với Hồng Kông và Singapore. Với những ưu thế trên, dự án xây dựng cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong được Chính phủ ủng hộ mạnh mẽ và coi là dự án chiến lược quốc gia.
Được biết, hiện tại Cục Hàng hải Việt Nam đã hoàn thành Dự thảo Quy hoạch xây dựng cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong trình Bộ GTVT phê duyệt (ngày 5/5/2006, VPCP đã có công văn số 2417 thông báo ý kiến của Thủ tướng giao Bộ trưởng Bộ GTVT phê duyệt quy hoạch chi tiết cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong, làm cơ sở lập dự án đầu tư xây dựng cảng giai đoạn khởi động).
Theo đó, Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong sau khi xây dựng sẽ giữ vai trò là động lực phát triển vịnh Vân Phong thành khu kinh tế tổng hợp đa ngành tầm cỡ quốc tế, bao gồm cảng trung chuyển quốc tế, công nghiệp, du lịch, dịch vụ, nuôi trồng hải sản... đồng thời làm đầu mối vận chuyển hàng hoá xuất nhập khẩu bằng container của Việt Nam tới thị trường quốc tế, cạnh tranh thu hút hàng hóa trung chuyển bằng container của các nước trong khu vực Đông Nam Á và châu Á. Quy hoạch xây dựng cảng giai đoạn tiềm năng có diện tích khoảng 750 ha, giai đoạn đến năm 2020 khoảng 285 ha, giai đoạn năm 2010 khoảng 85 ha và giai đoạn xây dựng đợt đầu khoảng 40 - 42 ha.
Về kế hoạch phát triển, trong giai đoạn tiềm năng, khả năng thông qua toàn cảng đạt khoảng 17 triệu TEU/năm, có thể tiếp nhận tàu container sức chở đến 15.000 TEU, tổng diện tích toàn cảng khoảng 405 ha, với tổng chiều dài bến khoảng 5.710m.
Giai đoạn đến năm 2015, cảng sẽ đáp ứng lượng hàng thông qua khoảng 2 triệu TEU, có thể tiếp nhận tầu container sức chở đến 10.000 TEU, tổng diện tích toàn cảng khoảng 118 ha, với tổng chiều dài bến khoảng 1.680m.
Giai đoạn khởi động (đến năm 2010), sẽ xây dựng 2 bến dài 700m, diện tích cảng khoảng 52 ha, có khả năng tiếp nhận tàu container sức chở 6000 - 9000 TEU, đáp ứng lượng hàng thông qua khoảng 0,5 - 0,74 triệu TEU với cơ sở vật chất kỹ thuật và trang thiết bị xếp dỡ của cảng đồng bộ, hiện đại, đạt tiêu chuẩn quốc tế.
Cơ sở hạ tầng ngoài cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong bao gồm đường sắt, đường bộ, đường hàng không, hệ thống cấp nước, cấp điện, thông tin liên lạc... hoàn chỉnh kết nối thuận tiện với mạng lưới giao thông quốc gia, quốc tế. Trước mắt, trong giai đoạn khởi động, cùng với việc xây dựng 2 bến cập tầu, sẽ xây dựng hệ thống đường bộ rộng 100m và đường sắt từ quốc lộ 1 và tuyến đường sắt Bắc - Nam vào đến cảng.